서울특별시교육청은 2019년 자율형사립고등학교 운영성과평가 결과에 따라 지정취소처분된 7개 학교와의 장기적인 법적 분쟁을 끝내고, 항소취하 절차를 진행하기로 하였다.

이는 2025년 예정된 자사고의 일반고 일괄 전환에 따라 그 의미가 축소된 소송을 끝내고, 2025년 고교학점제 전면 시행에 따른 새로운 고교체제 개편이라는 시대적 요구에 더 충실히 부응하기 위함이다.

서울시교육청은 자사고 지정취소처분 취소를 결정한 1심 판결에 대해 항소했었다. 이는 2019년 일부 변경된 자사고 평가 기준의 예측 가능성 및 중대성, 교육감의 재량권 범위 등에 대해서 법원과 교육청 간의 견해 차이가 있어, 이를 소명하고 자사고 지정취소 처분의 적법성과 정당성에 대해 법원의 판단을 다시 한번 받고자 함이었다.

하지만 장기적인 법적 분쟁으로 인한 학교 교육력 약화가 자사고 재학생에게 피해를 미칠 수 있고, 고입 불확실성에 따른 중학교 학생·학부모의 혼란이 있을 수 있다는 우려가 있었다. 또한, 자사고도 학교의 안정을 위해 항소 취하를 지속적으로 요청하였다.

이에 서울시교육청은 2019년 운영성과평가 결과와 관련하여 소송 중인 자사고 교장단과 만나 학교의 고충을 듣는 한편, 다양한 교육 주체의 의견을 경청하고 숙고의 과정을 거쳐 자사고 운영성과평가 관련 법적 소송을 중단하기로 결정하였다. 향후 서울시교육청과 자사고 교장단은 교육청-자사고 협의체를 구성하여, 자사고 정책과 관련한 제반의 현안에 대하여 논의를 이어가기로 하였다.