최근 법원(1심 재판부 및 2심 일부 재판부)은 2019년 자사고 운영성과평가 당시, 일부 변경된 평가지표를 사전에 안내하지 않은 부분 등에 절차상 하자가 있다는 판단을 내렸다.

이에 서울·부산교육청은 2025년에 일반고 전환이 예정되어 있는 만큼 그동안의 소모적인 갈등을 종결하고, 고교학점제 전면 시행 등 시대적 요구에 더 충실히 부응하기 위해 소송을 중단하기로 결정하였다.

교육부는 절차상 하자가 있다는 법원의 판단에 대해 소송을 중단하겠다는 서울·부산교육청의 결정을 존중하며, 미래 교육으로의 전환을 위해 자사고·외고·국제고를 일반고로 전환하는 새로운 고교체제 마련은 지속적으로 추진하겠다고 밝혔다.

교육부는 자사고 지정취소 처분에 대한 법원의 결정은 2019년 자사고 운영성과평가의 절차적 문제에 대한 판단으로 보고, 2025년을 기점으로 일반고 전환 및 고교학점제, 2022 개정 교육과정, 미래형 대입제도의 도입 등을 통해 학생들이 어떤 고등학교에 진학하더라도 자신의 능력과 적성에 맞는 맞춤형 교육을 받으며 자기주도적 인재로 성장할 수 있도록 시도교육청과 함께 미래교육 체제로의 전환을 차질 없이 준비할 것이라고 밝혔다.