흑산도항은 서남해권의 영해 관리를 위한 전략적 요충 항만으로서 항만시설 개선으로 영해관리를 강화하는 한편 해양사고에 신속히 대응하고 항주변 순환형 관광여건 정착을 위하여 지난 2013년도 국가관리연안항 항만기본계획(해양수산부고시 제2013-267호)에 반영되어 개발사업이 진행 중이다.

그러나, 흑산도항 내 일부 수면에는 1995년부터 현재까지 27년동안 양식업권(전복, 다시마)을 기반으로 생업에 종사하는 주민들이 국가어항 지정 및 흑산도항 개발사업으로 인하여 양식행위가"항만법"제28조(금지행위) 규정으로 양식업 기반이 2025년까지 제한되어 있어 어업권의 소멸위기로 생업을 포기하여야 할 상황에 직면하였었다.

하지만, 신안군은 장기민원인 흑산항내 양식시설물 철거와 관련하여 조건부 협의로 승인받은 해당 어촌계(진리1구, 진리2구) 어업권 총 12.8ha(축구장 18개 면적)을 대상으로 대체 양식업권 개발 등 다양한 대안을 검토하고, 어업종사자와 수차례 면담과 협의를 통하여 양식업 손실보상에는 턱없이 부족하지만 양식시설 매입조건으로 21어가, 양식가두리 964칸을 군비 100%로 총 14억원으로 2년간 분할지급을 통하여 항내 양식활동 중단, 시설물 철거 등으로 그동안 양식시설들로 숨겨진 흑산도 관문의 비경을 개방함으로 새로운 관광자원을 이용한 다양한 콘텐츠 발굴로 지역민의 다양한 활동이 기대된다고 밝혔다.